這要分兩個部分來討論，端視檢查部位是在器官空腔的黏膜部分或是體壁及體壁外部分而定。腹腔中的空腔器官，指的是胃部以及腸道，一般而言，無論是發炎或腫瘤，疾病多由黏膜部分開始發生。影像學檢查，包括上述超音波檢查、電腦斷層檢查、以及磁振造影檢查，對於胃腸道黏膜細部構造的呈現，均有其限制性，即使是使用鋇劑對比檢查，亦因偵測胃腸道早期黏膜病變功能的敏感性不及胃腸(內)視鏡高，因此無法取代胃腸鏡檢查。所以如果要偵測黏膜發炎或早期腫瘤，主要還是依賴內視鏡檢查。不過，針對胃腸道的黏膜下腫瘤，或是位於腸系膜的病灶，胃腸鏡檢查則一籌莫展，此時電腦斷層及磁振造影檢查的高清晰度，就可以提供重要的影像資訊，當然此點也遠優於同屬影像學檢查的超音波及完勝鋇劑對比檢查。
