健檢對身體來說，其實也具侵入性，除了要耗去不少時間，會為受檢者帶來不適，而檢查產生的風險，都必須由受檢者承受。
台大醫院健康管理中心主任吳明賢指出，健檢儀器敏感度不夠，會有偽陰性，可能看不出病灶；但有些儀器，卻是特異度不足，易有偽陽性，像正子電腦斷層掃描顯示發炎，好像有問題，實際上卻不是。
對此，西園醫院、永越健康管理中心院長林澤安的看法是，「偽陽性總比偽陰性好」，寧可錯殺一百、不要漏掉萬一；尤其有的癌症發展快速，可能檢查時看不出來、甚至是良性，但過三、四個月，腫瘤已長得很大或轉移。
林澤安舉例肺癌，當腫瘤在一公分到一點五分公大，胸部Ｘ光才看得出來，有的舊機器，甚至要兩公分腫瘤，才看得見；有人去年照沒事，今年照可能已肺癌晚期，所以才有低劑量電腦斷層掃描問世。
此外，心血管疾病，不能只靠心電圖，但用磁振造影，也無法診斷冠狀動脈狹窄；有的健檢中心，是以「心肌灌流」或「電腦斷層冠狀動脈攝影」檢查，來了解心肌缺血問題。
任何健檢中心都會承認：檢查無法「掛保證」，發現有可疑微小病灶，暫時無法確認，都會安排密集追蹤檢查。林澤安說，以肺部檢查來說，一般建議三、六個月各回診一次。
和信醫院院長黃達夫則認為，多留意身體變化，了解癌症可能出現的症狀，具備正確知識，有助早期發現，檢查儀器並非萬能。
作家趙寧因胰臟癌過世，以胰臟癌來說，胰臟由於位於較深層部位，肥胖者做腹部超音波，可能會被腸道或胃擋住看不見，有些病人是腫瘤壓迫十二指腸造成黃疸，才被診察出來。
還有，早期膀胱癌，常沒有症狀，有症狀時，又伴隨結石、攝護腺炎等泌尿科疾病；也有的腎臟癌病人會血尿，所以，有時需透過這些症狀幫忙診察是否癌症上身。
而四十歲過後女性，應定期做乳房超音波或乳房攝影，但最好也要自我觸摸檢查，有不少病友都是應此而發現乳癌，除非有家族史或做過隆乳手術等高風險者，才需其他精密儀器輔助。
